高位肛瘘是指瘘管位于外括约肌深部以上，可分为高位单纯性肛瘘（只有一个瘘管）和高位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘臂）。脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。当外口阻塞或假性愈合，脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。