肛周囊肿的症状是在肛门周围成直肠内指诊可摸到柔软、压痛、有波动的肿物，用注射器穿刺可抽出脓汁。若自行溃破或切开排脓后疼痛缓解或消失，体温下降，全身情况好转。但流脓的伤口却不易愈合或暂时愈合后又复发流脓，经久不愈，就成为肛瘘。由于脓肿发生的位置不同，症状也不同。