早期肛瘘主要发生在早期的一周内。主要是外科治疗。早期肛瘘的发病首先有肛门局部红肿或肛周脓肿的病史。大多数早期肛瘘是在发病时肛周脓肿破裂后形成的。肛瘘通常是早期的泄漏，没有分支和浅表位置。然而，随着时间的推移，会有多支瘘管或高度复杂的肛瘘。