女性肛瘘危害有肛瘘传染发炎后，肛门会特别的痛，溃破后脓水污染内裤，脓汁影响部分的皮肤，肛门瘙痒剧烈。非常容易使身体虚弱消瘦，同时也容易出现精神不振，抵抗病菌的能力也会有所降低，发作亦越频繁，形成互为因果。另外肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。