复杂肛瘘手术住院一周到两周的时间。肛瘘具体的分为单纯性的肛瘘和复杂性的肛瘘，单纯性的肛瘘局部麻醉选择瘘管切开切除，手术以后一周就可以出院。而对于复杂性的肛瘘手术当中需要进行挂线疗法，在手术以后每天都需要进行换药，每隔三天进行挂线的收紧，观察内口长比较好的情况，同时也要积极的抗感染治疗，创面恢复大概需要两周左右的时间。