高位复杂肛瘘复发的原因主要是由于治疗不及时，内口没有确切的愈合，或者是继发的残腔的形成，所以对于高位复杂肛瘘这种疾病应该早期进行治疗。因为肛瘘属于肛周的一种慢性感染，在手术当中应该详细的进行探查，确切的找到内口，在每次换药的时候也应该确切的清除内口表面的分泌物，避免形成残腔，并且要让深部组织逐渐的愈合，必要时还需要采取挂线疗法。