肛周脓肿复发的原因有以下几点：肛周脓肿手术后，未能及时处理继发形成的肛瘘，肛瘘外口堵塞后容易造成肛周脓肿复发。虽然肛瘘已经通过二次手术，但因为复杂性肛瘘存在着没有处理的内口，也容易引起肛周脓肿的复发。本身的抵抗力比较低，比如存在着肝硬化，糖尿病，免疫抑制等合并症。