肛瘘的治疗方法有很多，大致可以分为内治法、外治法和手术疗法。首先在内治法方面，一般从中医的辨证论治方面来着手，比如吃清热解毒、除湿消肿的中药或中成药，在抗感染方面，在肛瘘急诊炎症期，为控制炎症的发展，消除临床症状，或在手术前后为预防和治疗术后的感染，可酌情选用抗生素，当炎症消退或感染控制即可停用。