可以通过瘘管切开术治疗，适用低位单纯性肛瘘，内外括约肌之间的外瘘。切开瘘管仅损伤部分内括约肌，外括约肌皮下部及浅部，不会引起术后肛门失禁。一般在鞍麻下，用探针由外口插入，通透瘘管的内口穿出，沿探针方向切开瘘管，将腐烂肉芽组织搔爬干净，为保证瘘管从底部向外生长，可将切口两侧皮肤剪去少许，呈底小口大的“V”形伤口，同时注意有无分支管道，也应一一切开。