肛瘘的分类方法很多。最常见的为①：括约肌间肛瘘，多为低位肛瘘，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。②：经括约肌肛瘘，可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。③：括约肌上肛瘘，为高位肛瘘，少见，占5%，常需分期手术。④：括约肌外肛瘘，最少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。