会流脓。脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。当外口阻塞或假性愈合，脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。