在不同医院行肛瘘的手术，手术费用可能不一样，而且医疗费用还需根据身体条件而定。很多病人有合并症，比如现在有很多肛周脓肿的病人，或者最后形成肛瘘的病人，合并有糖尿病，或者合并有艾滋、梅毒。部分有高血压等基础疾病，这些人治疗时间相对会长，费用也高。总之，治疗费用肯定按照当地收费标准而定。只是有些人有合并症时需要治疗，有些自身对于疼痛或者术后换药不方便，有些人住院的时间长短不一，费用也不一样。