新生儿肛周脓肿形成的主要原因是肛隐窝感染，往往是在腹泻以后出现。大多数的婴儿在肛门边缘，大约一大两厘米的地方，会有漏斗样的结构，称为肛门腋窝。如果新生儿出现了腹泻或者大便不成形，大便残渣就容易残留在肛门隐窝里。大便残渣里会有大量的细菌，婴儿的抵抗力比较弱，很容易引起肛隐窝的感染。如果出现了感染，会通过肛管侵蚀并蔓延到肛周皮肤，从而形成婴儿肛周脓肿。