根据不同的程度、不同的类型对肛瘘进行对症的治疗。肛瘘的分类有以下几种：低位单纯性肛瘘：只有1条瘘管通过外括约肌深层以下，1个外口，1个内口，内口在齿状线肛窦附近；低位复杂性肛瘘：有2个以上内口或外口或瘘管，瘘管穿行在外括约肌深层以下；高位单纯性肛瘘：仅有1条瘘管，瘘管穿过外括约肌深层以上，1个外口，1个内口，内口位于肛窦部位；高位复杂性肛瘘：有2个以上外口、内口或瘘管，通过外括约肌深层以上。