引起肛瘘的原因有很多，肛旁脓肿是最常见的病因，此外，溃疡性结肠炎、克隆氏病、全身性免疫疾病甚至肿瘤都可引起肛瘘。肛周疾病如肛旁脓肿的形成，经久不愈后会形成更复杂的肛瘘和高位肛瘘，会造成很多精神上的痛苦，甚至数次手术后，仍然难以治好。