肛瘘由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿，瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘿管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热，寒颤，乏力等全身感染症状。肛瘘的治疗原则是手术为主，只有进行手术，才能找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。