肛瘘不治会引起流脓流水，污染亵服，引起病菌滋生，可引发肛门湿疹、肛门瘙痒等其他肛肠疾病。剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，从而影响工作和学习。肛瘘长期没治引起瘘管会随着时间的推移而逐渐增加，由一个瘘管进展成多个瘘管，形成高位复杂性肛瘘，难以治疗，易引起肛门失禁等后遗症。