肛瘘手术住院天数主要跟肛瘘的复杂程度有关系，比如单纯肛瘘手术相对简单，损伤小创面小，恢复快一般住院时间5-7天。如果是复杂性肛瘘，手术相对较复杂，创面多，恢复时间较慢，一般需要住院两周到三周的时间。如果是高位复杂性高瘘，创面较大较深，肛门功能恢复较慢，一般住院时间需要1个月以上，具体根据病情来确定住院时间。