肛瘘不可以自愈，内口存在，脓肿虽然破溃或者已经切开引流，但是原发的感染灶，比如肛窦炎依然存在，肠腔内容物还可以继续从内口进入瘘管。肠腔中的粪便、肠液和气体继续进入瘘管刺激管壁，使得管壁的结缔组织增生，管腔难以闭合。脓腔引流不畅或者是外口变小，有时闭合，有时破溃，脓液积聚在脓腔内，导致脓肿再发，并破溃而形成新的瘘道。管道大多是在不同高度穿过肛门括约肌，肛门括约肌的收缩阻碍了脓液排出，导致引流不畅。