肛周脓肿以疼痛和发热为主要的症状。肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛，且这种疼痛持续不减。直肠周围脓肿最主要表现是局部坠胀和便意感。发热常见，最高可超过40°。