低位单纯肛瘘的治疗方法是手术。积极手术治疗，避免病情发展变化，发展成为高位复杂肛瘘，到正规医院的肛肠科就诊，由专业的肛肠科医生实施手术，这样术后复发率相对比较低。术后还要注意避免刺激性饮食，避免饮酒，避免肛门着凉，避免久坐、久站。