肛瘘的主要症状是局部流脓，湿痒及疼痛。初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重，久之，脓液逐渐减少，时有时无稀淡如水。肛瘘畅通时一般无疼痛感，仅有局部坠胀感，但也有因内口较大，粪便流入管道而引起疼痛，尤其是排便或有炎症时疼痛加剧，因脓液不断刺激肛门周围皮肤可引起肛周瘙痒症，也可伴发肛周湿疹，急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热，贫血，消瘦和食欲不振等。