高位单纯性肛瘘的治疗均需要进行手术治疗，但药物治疗是辅助手术治疗的必备方法。在发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状时，可采取药物治疗暂时缓解症状。合理饮食，均衡营养，防治便秘和腹泻，避免肠道菌群失调的发生，及时治疗肛隐窝炎和肛乳头炎，以避免发展成肛周脓肿和肛瘘。