肛瘘一般不能自愈，即使病情再轻，都需要一定的处理，可能有的一些中医采用一些药物治疗，会有一定的疗效，病情较轻的治疗后不会再次发作；但多数肛瘘会反复发作引起瘘管走行加深，可能会引起多个支管，一旦确诊为肛瘘，建议及时手术治疗，可能会有较好的疗效，避免病情迁延不愈，带来更为严重的并发症。如果病程过长，会使肛门括约肌纤维化，造成肛门失禁及肛门狭窄的可能。