肛周脓肿属于肠道内细菌感染，肠道内细菌感染是其主要的致病因素。肛窦是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。肛腺是感染的途径，肛腺先发生感染，然后蔓延，肛周间隙是最终的发病部位。肠道内的细菌进入肛窦，使其发炎，堵塞肛腺开口，导致肛腺液体流出受阻，引起肛腺感染，感染又通过肌间隙。