形成肛周脓肿的常见原因主要是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。肛管直肠周围脓肿一般不能自行好，如任其发展，脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘，如果脓液得到引流，症状可暂时缓解，随后破溃口可愈合，脓液又不断积聚，感染向周围继续扩散，再次出现症状，并可能出现新的脓肿，并形成多个破溃口。