医学认为感染是疾病的主要原因。肛周脓肿可由肛裂、痔疮、肛窦炎、肛周皮肤滤泡性汗腺炎、肛周皮肤病等感染引起。某些疾病，如溃疡性结肠炎、再生障碍性贫血、全身营养不良，使身体虚弱，降低抵抗力，并诱发肛周脓肿。一般也会见到因为肛门直肠手术引起的感染，从而形成直肠周围脓肿。尿道术后感染、尾骶骨骨髓炎术后感染、产后会阴破裂缝合后感染等手术都可能引起脓肿。