瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重。排脓：排脓是主要低位肛瘘的症状，新天生的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭。