原发性内口的存在，会不断进入致病菌，产生瘘管感染，经常会化脓，流出分泌物。肛瘘如果不治疗，在身上会反复的感染发作，如果时间长了，有一少部分病号可能出现癌变，虽然几率不是特别高，但是有文献或者临床报道，有产生癌变的可能。如果存在肛瘘，尽快手术治疗，不要保留癌变的隐患，本身如果存在肛瘘，对生活质量也有很大的影响。