肛周囊肿治疗主要采用手术方法。位于肛门口或者肛周皮下的囊肿，可以选择切开，并且要仔细地分离病变，避免残留。手术以后还需要抗感染治疗，在围手术期应该叮嘱病人流质饮食，避免形成干质的粪便，以免导致局部的污染。治疗是定期进行换药，注意局部卫生。