疼痛肛裂可因排粪引起周期性疼痛，这是肛裂的主要症状。排粪时，粪块刺激溃疡面的神经末梢，立刻感到肛门的灼痛，但便后数分钟疼痛缓解，此期称疼痛间歇期。以后因内括约肌痉挛，又产生剧痛，此期可持续半小时至数小时，使病员坐立不安，很难忍受，直至括约肌疲劳后，肌肉松弛，疼痛缓解。但再次排便，又发生疼痛。以上临床称为肛裂疼痛周期。疼痛还可放射到会阴部、臀部、大腿内侧或骶尾部。