无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，没有痛感，电镜下检查更清晰，但是费用稍高。只要合理用药，加强管理，全麻是不会对人体产生严重危害的。普通肠镜检查是清醒的，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜子来检查肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。