低位复杂肛瘘手术在手术过程中，需要提前进行麻醉处理，基本上不会感觉到任何的痛苦，但是在手术之前需要配合医生进行肠镜检查，这时候会感觉到一些痛苦，手术之后前三天基本上是最难受的时候，必要的时候可以口服一些止痛的药物，随后症状就会慢慢改善的。