症状有疼痛，瘙痒，脓性分泌物的溢出，以肛门局部的症状为主，肛瘘有内口，外口，瘘管组成。粪便等异物经内口进入瘘管，可引起局部感染化脓，形成一些肛周脓肿，脓肿扩散会破可导致肛瘘的形成。因此肛瘘发生前会出现沿线的反应，引起局部的疼痛。脓液经瘘管由外口流出可导致局部的瘙痒。