肛门指诊时可以在肛内齿线处触及到硬节或凹陷，或按压瘘管时有脓液流出。而大部分病例的内口很隐蔽，或是闭合的，这就需要先找瘘管或外口，然后再顺藤摸瓜。方法有六，看、摸、探、灌、照、切。这些方法针对不同瘘管，各有适应范围，有时一种方法就能找到，有时需要几种共同配合。