疼痛是肛裂最主要症状，其典型的过程是：疼痛--缓解--高峰--缓解--再疼痛。便时疼痛便后数分钟疼痛缓解，此期称疼痛间歇期。之后因内括约痉挛产生剧烈疼痛，持续数分钟。便秘和忍便会使粪便变干变粗，粪便变干变粗时，通过肛门撑破肛管皮肤形成裂口，导致皮下神经组织及血管暴露，排便时产生疼痛和出血。