感染是引起肛门脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛周脓肿。肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿，以及尿道术后感染、会阴部术后感染等引起肛周脓肿。大部分都是治疗方法不当引起的。如内痔手术治疗，因操作不当或感染形成肛周脓肿。直肠内异物损伤后感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，都是肛周脓肿的发病原因。