单纯性低位肛瘘：手术切口较小，治疗方法较简单，大概一周就可以出院，出院后恢复时间约2周左右；复杂性高位肛瘘：部分是一次性手术，住院两周或更长时间，出院后恢复时间约4-6周左右；复发性肛瘘：如合并其他疾病，治疗周期较长，需要反复多次住院，整个恢复时间可能需要几个月，甚至更长的时间。