成人肛瘘，肛周脓肿自行溃破或切开引流后造成。直肠肛门损伤外伤，食物中的骨头、吞咽金属等物质，肛门体温计测体温，肛门镜检查等损伤肛管直肠导致细菌侵入伤口引起。肛门裂反复感染。会阴部手术内痔注射误入肌层或手术后感染，产后会阴缝合后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。结核主要为吞咽结核菌引起，少数也可血行感染引起。