肛瘘主张手术处理。只要手术时不要损伤到肛门外括约肌的深浅部及内括约肌的齿线上方不会留有肛门失禁的后遗症。肛瘘最大的不良恶果是癌变，一般病程越长越易恶变，为此，肛瘘应抓紧治疗，不要拖延病情。目前保守疗法，如口服中药、抗生素、外洗、外熏等。