约90%的肛瘘病人属于腺源性肛瘘，这种肛瘘是由于肛隐窝感染引起。除了腺源性肛瘘外，还可能有一些特异性原因的肛瘘。比如结核病会引起肛周的结核性感染，导致结核性肛瘘的发生；炎症性肠病也可发生肛周的并发症，表现为肛瘘，肛裂等。一些外在性的因素，比如痔疮肛裂手术处理不当，引发肛周感染，导致肛瘘；跌伤，刀伤，枪伤，如果恰好在肛门直肠部位可能因继发感染引起肛瘘。