轻度肛裂可以保守治疗，比如口服软化大便的药物，预防便秘；外擦促裂口愈合类痔疮膏、重组人表皮生长因子等；如果有便秘的症状，适当服用润肠通便的药物。重度的肛裂则手术治疗。适用于有肛裂三联征（肛乳头肥大、哨兵痔、肛裂）或非手术治疗无效的慢性肛裂者，常用的术式有肛裂切除术和侧位内括约肌切断术。