单纯性肛瘘可选择肛瘘切开术、肛瘘切除术、挂线术。复杂性肛瘘可以采用肛瘘切开挂线术和(或)分期肛瘘切开术、隧道式支管拖线术、瘘管清创+纤维蛋白胶注射术、肛瘘栓填塞术、直肠黏膜瓣前徙术、括约肌间瘘管结扎术(LIFT)以及括约肌间瘘管结扎术+肛瘘栓填塞术。