肛门周围脓肿，主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。还有肛裂，肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。会阴部手术，内痔注射过深或手术后感染，产后会阴缝合后感染，前列腺、尿道手术后感染等，均可波及肛门直肠引起脓肿及瘘。