肛瘘手术是否疼痛，与肛瘘类型、痛阈高低等有关：高位肛瘘涉及的肌肉较多，挂线手术对其损伤较大，故疼痛较重；低位肛瘘涉及肌肉较少，故疼痛较轻；与个人体质有关，如果痛阈较高，对疼痛耐受力较好，一般感受不到手术的疼痛；如果痛阈较低，对疼痛敏感，容易感受到疼痛。