瘙痒：肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，常感觉皮肤瘙痒。疼痛：瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。这些都是肛瘘的一般症状。