低位单纯性肛瘘，只有一个瘘管，并通过外括约肛深部以下，内口在肛窦。低位复杂性肛瘘：瘘管在外约肌深部以下，外口和瘘道有两个以上者，内口在肛窦。高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦。高位复杂性肛瘘：有两个以上外口，瘘管有分支，其主道通过外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。