肛瘘手术分为瘘管切除术和挂线疗法。瘘管切除术，首选基础麻醉或者是联合滴管麻醉，由外口直入探针，在矢状线穿过内口，若找不到内口可在粘膜最薄处戳破以探针为引导切开皮肤、皮下及瘘管壁，然后完整切除瘘管，注意应使创面内小外大，不缝合，每日换药坐浴使创面由底部向皮面生长愈合。