得了肛瘘最常见的症状就是肛门口流脓，而脓液的多少，因瘘管的长短、大小而不同。新生成的肛瘘流脓较多，脓稠，味臭，色黄，以后逐渐减少，时有时无，呈白色，质稀淡。如忽然脓液增多，表示有新瘘管生成。有时外口暂时封闭，流脓停止，体温上升，局部肿胀，再度形成脓肿。封闭的外口再穿破或形成另一新外口，又有脓液流出。内外瘘粗大者，有时粪便和气体由外口流出。