肛瘘症状周期性发作，时有时无，脓液较少，一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛，常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。